Les baleines à bosse arrivent chaque avril et restent jusqu'à fin octobre, suivant les bancs de capelans et de harengs qui se concentrent dans la thermocline juste au-delà de l'embouchure du port. Les petits rorquals, plus petits et curieux, s'approchent à quelques mètres de la jetée de Mávagarðsbryggja tout au long de l'été. Les dauphins à nez blanc chassent en groupes de vingt individus ou plus, et les marsouins communs font surface entre les chalutiers amarrés à l'aube.
La flotte de pêche de la ville travaille dans ces eaux depuis le XVIe siècle, mais l'observation commerciale des baleines n'a débuté qu'en 2012, lorsqu'un opérateur de semi-rigide a migré vers le nord depuis Reykjavík en reconnaissant le potentiel du fjord. Aujourd'hui, quatre entreprises agréées proposent des excursions toute l'année, chaque départ étant limité à douze passagers pour respecter les règles strictes d'Islande concernant l'approche de la faune. Les bateaux restent à soixante mètres de toute baleine jusqu'à ce que l'animal plonge ou s'éloigne, et la coupure des moteurs est obligatoire lorsqu'un cétacé fait surface à moins de cinquante mètres. Ces règles, appliquées par l'Office du tourisme islandais depuis 2023, ont fait de l'observation des baleines à Ísafjörður un modèle de tourisme marin à faible impact dans tout l'Atlantique Nord.
La géographie du Skutulsfjörður concentre le spectacle. Le fjord s'étend sur douze kilomètres de la haute mer jusqu'au port, se rétrécissant à huit cents mètres en son milieu. Les baleines qui se nourrissent dans le bassin extérieur doivent nager devant Ísafjörður pour sortir, et le chenal étroit les force à s'approcher des côtes. Les semi-rigides partent de la jetée industrielle de Mávagarðsbryggja, accélèrent devant les usines de transformation du poisson et atteignent la zone d'observation privilégiée en quinze minutes. Les tour-opérateurs travaillent en contact radio, partageant les coordonnées des observations pour minimiser le temps de recherche et la consommation de carburant. Lors d'un départ estival typique, les passagers aperçoivent leur première baleine moins de vingt minutes après avoir quitté le quai.
Les Vestfirðir restent la région la moins visitée d'Islande, accueillant moins de quarante mille visiteurs par an contre deux millions à Reykjavík. Cet isolement préserve le calme du fjord. Aucun navire de croisière n'y jette l'ancre, aucun convoi de bus ne borde le front de mer. Les bateaux d'observation des baleines ne partagent l'eau qu'avec des chalutiers en activité et occasionnellement un kayak de mer. Les photos de caudales de baleines à bosse prises dans le Skutulsfjörður ont été identifiées comme appartenant à des individus observés au large du Groenland, de la Norvège et du Massachusetts, confirmant que le fjord se situe sur un corridor migratoire vieux de plusieurs siècles. Ce qui a commencé comme un port de pêche est devenu un siège au premier rang pour l'un des plus grands mouvements animaux de la planète, neuf degrés au sud du cercle polaire arctique.
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